故事的主人翁是平凡的小學三年級學生高町奈葉，和經營咖啡館的父母，以及身為學生的哥哥和姐姐，還有關係良好的朋友們，一起過著非常普通的日常生活，卻在奇妙的際遇下和“異世界的少年”相逢。從此生活都改變了，如此的相遇讓奈葉得到魔法的力量，她開始幫助異世界少年尋找散落在世界上的異世界的遺產“寶石之源”，並必須將其回收。在可以自由變身成小動物和人類的異世界少年的幫助下，奈葉憑自己的資質和意志將魔法之杖具現化。憑藉兩種力量，來實現緊握在手中的人們的夢想，然而，為了防止伴隨而來的種種危險，所以必須要回收寶石之源，並在無人知曉的情況下守護周圍的和平。奈葉和異世界少年的柔和友情及羈絆。還有，與寶石之源相關各式各樣的人的種種形態互相接觸。原本應該是和家人以及朋友一起快樂生活的三年級學生，卻要無時無刻的過著，放學後休息時間裏秘密的魔法少女生活。在持續著這樣的日子裡，又出現了“和奈葉一樣擁有魔法少女資質的敵對勢力”，並且還出現了“關注著兩方戰鬥的第三勢力”，奈葉平穩的生活陷入大危機中！“所以我會盡可能地努力的...。為了將來不會後悔”高町奈葉，小學三年級學生。雖然沒有?#092;動神經，但憑著智慧與勇氣以及魔法的咒文和不輸於人的心境。高町奈葉，一定會努力的！...